行政事业单位内部控制存在的主要问题
1.费用支出缺乏有效控制
行政事业单位对于行政经费的支出，特别是招待费、办公费、会议费、水电费等，普遍缺乏严格的控制标准；即使制定了内部经费开支标准，但仍较多采用实报实销制。
2.固定资产控制薄弱
实行政府集中采购制度以后，行政事业单位固定资产的购置得到了有效控制，但使用管理仍缺乏相关的内部控制，重购轻管现象比较普遍。如未按规定建立起定期财产盘点制度，购置的固定资产未能及时登记入账，未登记固定资产明细账和实物卡片，责任不明确等，导致资产账实不符及资产流失。
3.财务管理弱化
财务部门的工作限于记账、算账、报账，与业务控制脱节，对单位重要事项的决策、实施过程和结果均不了解，未能对业务部门实施必要的财务控制和监督。票据管理不到位。未建立定期或不定期抽查制度，出现延期上缴收入，挪用公款问题；对使用后票据未能及时办理交验、核销，容易导致收入不入账、私设“小金库”等问题。
4.岗位设置不够合理
由于多种原因，一些单位岗位安排不尽合理，存在一人多岗、不相容岗位兼职现象。记账人员、保管人员、经济业务决策人员及经办人员没有很好的分离制约，存在出纳兼复核、采购兼保管等现象，出现管理漏洞。
5.预算控制比较薄弱
首先是预算编制比较粗糙，部门预算的编制一般根据当年财政状况、上年收支、预算单位自身的特点和业务进行核定，没有细化到具体项目，预算支出达不到逐笔进行核定的要求。其次是预算刚性不够，预算的计划性、科学性不强，预算调整追加较为频繁，资金使用缺乏预见性，削弱了预算的约束控制力。
行政事业单位内部控制薄弱的主要原因
行政事业单位内部控制薄弱的主要原因有以下几个方面：
1.内部控制观念淡薄
良好的内部控制意识是内部控制制度设计完善和有效运行的基本前提。但一些单位的领导对内部控制制度重要性的认识还不到位，内控意识不强，重发展、轻控制，对内部控制知识缺乏基本了解，把内部控制看成仅是财务部门的事。
2.内部控制制度不完善
财政部制定的《内部会计控制规范》主要是针对企业的，对行政事业单位的适用性较差；有的单位虽然制定了一系列内控制度，但未能严格执行，对制度的执行及效果缺乏必要的监督，导致有章不循、违章不究，内部控制制度未能发挥应有的作用。
3.信息与沟通衔接不够
行政事业单位会计集中核算后，由会计核算中心对行政事业单位集中办理会计核算和监督业务，由于会计主体单位与核算部门不一致，双方沟通衔接不够，极易形成账物分离的资产管理现状，造成核算中心管账不管物、核算单位管物不管账、账物不符的问题，影响单位内部控制制度的有效实施。
4.管理人员业务素质不能适应内部控制工作的需要
管理人员竞争意识差，缺乏创新精神，业务素质难以满足实施内部控制和监督的要求。
5.外部监督对单位内部控制健全性和有效性的监督检查不够
目前作为行政事业单位主要外部监督力量的财政、审计部门，大多偏重于对单位财政资金的运用是否合法、合规进行监督，较少对被审计单位是否建立有效的内部控制制度以及有效执行加以实质性检查。缺少有效的外部监督，使行政事业单位内部控制制度体系完善失去外部推动力和约束机制。
行政事业单位内部控制的目标和原则
行政事业单位内部控制的目标和原则：
（一）内部控制的目标
内部控制是由行政事业单位的领导层和全体员工实施的、旨在提高行政事业单位管理服务水平和风险防范能力，促进单位可持续、健康发展，维护社会主义市场经济秩序和社会公众利益，实现行政事业单位管理服务目标所制定的政策和程序。
行政事业单位内部控制的目标是：
1.合法性——管理和服务活动的合法合规
2.安全性——资产安全
3.可靠性——财务报告及相关信息真实、完整
4.效率性——提高管理服务的效率和效果
5.风险防范——排除障碍实现单位发展战略
（二）行政事业单位建立与实施内部控制应遵循的原则
1.全面性原则
内部控制应当贯穿决策、执行和监督全过程，覆盖企业及其所属单位的各种业务和事项。因为，在内部控制程序的所有环节中，有一个环节没有发挥作用，所有起作用的环节，也会变得无用。
2.重要性原则
内部控制应当在全面控制的基础上，关注重要业务事项和高风险领域。行业、规模、性质、所处地域、组织形式等不同，高风险领域不同。内部控制不能防范所有风险，但要关注重要业务事项和高风险领域，防范颠覆性风险。
3.制衡性原则
内部控制应当在治理结构、机构设置及权责分配、业务流程等方面形成相互制约、相互监督，同时兼顾运营效率。内部控制的核心思想是权力平衡，制约对象是权力，权力分配合理，约束适当是内部控制的难点。内部控制过于复杂会影响效率，风险大的业务，首先是防范风险，其次才是兼顾运营效率。
4.适应性原则
内部控制应当与行政事业单位的规模、竞争状况和风险水平等相适应，并随着情况的变化及时加以调整。内部控制不能拷贝，也不能克隆。别人的成功经验，拿过来不一定能用。行政事业单位发展的不同阶段、外部环境的变化、战略目标的调整等，内部控制要随之变动。
5.成本效益原则
内部控制应当权衡实施成本与预期效益，以适当的成本实现有效控制。
内部控制的设计和运行受制于成本与效益原则。成本小于效益，是任何理性的管理活动都必须遵循的法则。
（三）建立与实施内部控制包括的要素
1.内部环境——是行政事业单位实施内部控制的基础。
2.风险评估——是行政事业单位及时识别、系统分析经营活动中与实现内部控制目标相关的风险，合理确定风险应对策略。
3.控制活动——是行政事业单位根据风险评估结果，采用相应的控制措施、政策和方法，将风险控制在可承受范围之内。
4.信息与沟通——是行政事业单位及时、准确地收集、传递与内部控制相关的信息，并在行政事业单位内部、单位与外部之间进行有效沟通。
5.内部监督——是行政事业单位对内部控制建立与实施情况进行监督检查，评价内部控制的有效性，发现内部控制缺陷，应当及时加以改进。
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